Територията на общината се пресича от два трансконтинентални пътя. Първият е от Западна и Централна Европа, през София - Пловдив - Харманли - Свиленград и Истанбул (Е-80 или І-8), и вторият - от Северна Европа през Русе - Хасково - Харманли и Средиземноморието, на чиято основа ще се развива в бъдеще коридор № 9. През общината преминава и трансевропейската жп линия София - Пловдив - Харманли - Свиленград - Истанбул, категоризирана като подходяща за комбинирани превози.

Изгодното природно-географско и транзитно транспортно комуникационно положение на община Харманли, както и непреките й връзки и с две граници - с Република Турция и Република Гърция, са важни потенциали за бъдещото й развитие.

Транспортно-комуникационната система на община Харманли се формира основно от функционирането на един от водещите коридори за страната и за област Хасково - трансевропейския транспортен коридор Европа - Азия (коридор № 4). На територията на областта той се формира от международната магистрална жп линия - Е-70С и първокласния път I-8 (Е-80), които изцяло централно преминават през територията и на община Харманли и я разполовяват на две приблизително равни части. Този коридор основно влияе както върху цялостното развитие на общината, така и върху самата изграденост и функционирането на съответните транспортни мрежи.

Определено структуриращо значение за развитието на пътната мрежа в общината следва да играе и потенциалният регионален коридор, свързващ района Харманли - Свиленград с Бургас и преминаващ през Странджа-Сакар.

Изградената пътна мрежа на територията на общината включва общо 222.2 км пътища от републиканската пътна мрежа. С предстоящото изграждане на АМ "Марица" в района на Харманли - Бисер и връзката й с изградената част Свиленград - Любимец значително ще се подобри обслужването на транспортния поток на територията на общината.

Понастоящем пътната мрежа е представена с пътища от I до IV клас както следва:

Общата характеристика на системата за шосеен транспорт в община Харманли е задоволителна. С оглед бъдещото развитие на общината основните насоки за развитие на шосейния транспорт следва да се ориентират в стратегически план към:
- Изграждане на участъка от АМ "Марица" на територията на общината и укрепване на пътната мрежа в посока осигуряване на лесна, бърза и безконфликтна връзка на формиращите се две съставни части на общината - северна и южна.
- Доизграждане съвместно с община Свиленград на регионалния транспортен коридор Свиленград - Харманли в посока Бургас.
- Реконструкция и модернизация на основната събирателна артерия за общината в южна посока - участъка от път III-509 на територията й.
- Подобряване на безопасността и сигурността на движение в района на конфликтните населени места.
- Въвеждане на гъвкава система за микробусен транспорт за връзка на населените места с центъра гр. Харманли.

Железопътният транспорт
През територията на община Харманли преминава само една еднопосочна железопътна линия част от главната ж.п. линия “Калотина-София-Пловдив-Свиленград”. Участъкът е с дължина от 23 км, на който функционират 1 гара – Харманли и 2 спирки – с.Преславец и с.Бисер. Липсата на изградена ж.п. мрежа, обхващаща територията на общината, предопределя ниската й степен на използваемост от местното население и предимно транзитния характер на ж.п. транспорта в района. Последният се използва предимно от промишлените предприятията /т.е. по – силно развит е товарния ж.п. превоз/.
Материално – техническата база на железопътната инфраструктура в общината е остаряла, ж.п. линията е единична и неелектрифицирана, ниска е и средната скорост на придвижване с ж.п. транспорта.
Посочените проблеми имат общонационален характер, а не само регионален. Поради тази причина, развитието на транспорта, и в частност железопътния транспорт, и приравняването му към стандартите на ЕС е един от основните приоритети на българското Правителство за развитие на транс-европейските транспортни коридори на територията на България.
Република България е ратифицирала Меморандум за разбирателство за общоевропейски транспортен коридор № 4 /Калафат (Румъния) – Видин – София – Кулата – Промахон (Гърция) и София – Пловдив – Свиленград – граница с Турция/, преминаващ през територията на страната и засягащ в частност територията на община Харманли. Основен обект за постигане на поставените приоритети по отношение на транспорта в България е удвояване и електрифициране на линията Пловдив – Свиленград и превръщането и във високоскоростна отсечка.
Очакваните резултати от изпълнението на обекта са:
     увеличаване на трафика в резултат на подобрената инфраструктура;
     постигане на ново ниво на безопасност за железопътния транспорт;
     електрификация на железопътната линия;
     увеличаване на средната скорост на придвижване и максимална скорост на определени отсечки до 160 км./ч.;
     повишаване на конкурентноспособността на железопътния транспорт и пренасочване на голяма част от пътническия шосеен трафик към ж.п. транспорта;
     и не на последно място намаляване на негативното въздействие на транспорта върху околната среда чрез eлектрификация и намаляване на дела на автомобилните превози, особено при транзитните преминавания през страната;
     увеличаване на комбинираните и контейнерните превози.